Mit dem Bau der Brücke wurde am 17. November 1966 begonnen. Nach fast vierjähriger Bauzeit wurde sie am 15. Juni 1970 zunächst nur für Fußgänger und Radfahrer eröffnet. Zwölf Monate später, am 29. Juni 1971, beschloss die Bremer Baudeputation das Bauwerk auf den Namen Werderbrücke zu taufen. Am 25. September 1971 wurde die Brücke für den allgemeinen Verkehr freigegeben. Seit Juni 2007 wurde die Brücke umfangreich saniert. Zwischen Februar und August 2008 war die Brücke für den Verkehr gesperrt und nur über einen Busshuttleverkehr benutzbar. Die Kosten für die Sanierungsarbeiten beliefen sich auf 4,5 Millionen Euro. Am 30. August 2008 wurde die Brücke wieder für den Verkehr freigegeben.